En pleine guerre civile contre Pompée, Jules César cherche à sécuriser ses lignes de communication terrestres entre l'Italie et la Gaule. Marseille (Massalia), la grande métropole grecque alliée de Pompée, refuse de lui ouvrir ses portes et subit un siège retentissant.

Pour contourner ce blocus maritime et terrestre, César fonde une halte militaire et commerciale sur la Via Aurelia : Forum Julii (« le marché de Jules »). Idéalement située au débouché de la vallée fertile de l'Argens, la cité devient une escale logistique stratégique. En offrant une alternative directe à Marseille, César déclenche le tout premier essor urbain et économique de la région. La modeste station devient rapidement une colonie romaine de vétérans florissante et une étape stratégique vers la Gaule, posant les fondations de l'une des plus importantes cités de la Gaule narbonnaise.

Avec la christianisation progressive de l'Empire romain favorisée par Constantin, les institutions civiles romaines s'effritent au profit d'une nouvelle organisation spirituelle et territoriale menée par les évêques.

Fréjus devient le siège d'un diocèse dès la fin du IVᵉ siècle (fondé vers 374 par Saint Léonce, proche de Saint Honorat, fondateur du monastère de Lérins). Alors que les structures antiques s'effondrent, la ville conserve son rôle de capitale régionale en devenant une cité épiscopale majeure. Le groupe épiscopal — comprenant un baptistère octogonal du Vᵉ siècle conservé intact, le cloître et le palais épiscopal — devient le cœur administratif, religieux et culturel qui permettra à la région de traverser le Haut Moyen Âge.

En 1263, sous l'impulsion du pape Urbain IV et du comte de Provence, l'Ordre du Temple se voit confier la surveillance des points stratégiques du littoral pour défendre le golfe de Fréjus contre les attaques maritimes. Les Templiers s'implantent alors dans le diocèse, développant des domaines agricoles (notamment du côté des étangs de Villepey) et s'appuyant sur des points d'ancrage côtiers partagés avec la cité voisine de Saint-Raphaël.  Cette présence militaire et spirituelle prend brutalement fin à l'automne 1307 : comme partout dans le royaume de France et le comté de Provence, les Templiers du diocèse de Fréjus sont arrêtés sur ordre royal et leurs possessions sont confisquées, puis transférées quelques années plus tard à l'Ordre des Hospitaliers.

Le golfe de Fréjus (incluant la baie voisine de Saint-Raphaël) est le théâtre de deux moments charnières de la vie de Napoléon Bonaparte.

• Le 9 octobre 1799 (Le retour d'Égypte) : Échappant au blocus de la flotte britannique, le général Bonaparte débarque dans le golfe. Accueilli en héros par la population varoise, il gagne précipitamment Paris pour orchestrer le coup d'État du 18 Brumaire.
• Le 28 avril 1814 (Le départ pour l'île d'Elbe) : Quinze ans plus tard, déchu, Napoléon repasse par la région pour embarquer sur la frégate anglaise HMS Undaunted direction l'exil. La côte fréjussienne s'impose ainsi comme l'alpha et l'oméga de son ascension et de sa chute politique.

Aux débuts de l'aviation militaire, la Marine nationale cherche un site combinant un vaste terrain plat dégagé et un accès direct à une baie abritée pour expérimenter le décollage et l'amarrage des premiers hydravions.

Le ministère de la Marine choisit la plaine littorale reliant Fréjus à Saint-Raphaël pour y implanter la toute première base d'aéronautique navale de France (Base Nature actuelle). Le site devient un véritable laboratoire technologique mondial où les pionniers de l'aviation testent les premiers ponts d'envol, propulsant la région au cœur de l'histoire militaire moderne.

23 septembre 1913 : L'exploit mondial de Roland Garros

À la veille de la Première Guerre mondiale, les pionniers de l'aviation rivalisent pour repousser les limites de la distance et de la traversée des mers. La traversée sans escale de la Méditerranée est alors considérée comme le défi le plus périlleux de l'époque.

C'est depuis le terrain d'aviation de Fréjus que l'aviateur Roland Garros s'élance au matin du 23 septembre 1913 à bord de son monoplan Morane-Saulnier. Après 7 heures et 53 minutes d'un vol héroïque au-dessus de la mer, il se pose à Bizerte en Tunisie. Cet exploit mondial met Fréjus et Saint-Raphaël sous les projecteurs de la presse internationale et consacre la région comme une terre de pionniers de l'air.

Deux mois après la Normandie, les Alliés lancent l'Opération Dragoon pour libérer le sud de la France et sécuriser les ports stratégiques de Toulon et Marseille.

Les plages du secteur de Fréjus et de Saint-Raphaël (code Camel Force, incluant les plages du Dramont et de la baie de Fréjus) sont désignées comme des zones d'assaut prioritaires pour la 36ᵉ division d'infanterie américaine et l'Armée B française.

Malgré une vive résistance de la Wehrmacht fortifiée le long du mur de la Méditerranée (Sudwall), le débarquement réussit en quelques heures. La libération de Fréjus ouvre immédiatement la route des Alpes et de la vallée du Rhône pour faire la jonction avec les forces débarquées en Normandie.

Durant le dernier tiers du XXᵉ siècle, la Côte d'Azur devient l'une des destinations touristiques mondiales les plus prisées. Fréjus cherche alors à se réapproprier son identité maritime perdue depuis la période médiévale.

La municipalité lance à la fin des années 1980 un chantier d'urbanisme ambitieux : creuser un bassin portuaire intérieur en pleine terre pour faire revenir la mer au cœur de la cité. L'inauguration de Port Fréjus réorganise l'espace urbain en reliant le centre historique à la mer. Ce projet redynamise l'économie locale grâce à la plaisance, au commerce et au tourisme, permettant à la ville de redevenir un pôle nautique incontournable du Var.